En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.

En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo...

Minya, el hijo de Godzilla, se encuentra en una isla donde las luchas por el poder son terribles ya que otro monstruo, Gabera, amenaza al rey y a su vástago.