Segunda película sobre el personaje marino más querido por niños y adultos, Bob Esponja. El argumento gira en torno a Bob Esponja y sus inseparables amigos del mar, como son Patricio y la ardilla Arenita, y otros personajes de la serie en la que se basa, como Calamardo y Don Cangrejo. En esta ocasión Bob Esponja y cía se embarcan en una aventura en la que deberán encontrar una receta robada, lo que llevará a los personajes de Fondo Bikini hasta nuestra dimensión. Por lo que la película mezcla animación y escenas de acción real. Las escenas de animación están hechas tanto con CGI (imagen generada por ordenador) como en dibujo a mano. En la dimensión real se tendrán que enfrentar al pirata Alameda Jack, al que da vida Antonio Banderas.

Todo lo que Ivy Morgan creía saber se ha puesto patas arriba. Si no descubre en quién puede confiar, y rápido, no es solo su corazón el que se desgarrará, sino la civilización misma.