En un reino nace la princesa Zafiro pero el rey debe mentirle al pueblo diciendo que es el príncipe que tanto esperaban a fin de evitar que el reino pase a manos perversas del conde Nailon, el duque Duraluminio y su hijo Plástico. En el cielo se asignaba el sexo a niños y niñas mediante la entrega de una mora azul a los niños y una manzana a las niñas, uno de los querubines no quiere dejar de serlo, por lo que entrega a una de las niñas (Zafiro) su mora azul, por causa de la travesura de esté (Cachito), quien en castigo es enviado a la tierra para corregir su error y entonces es cuando se encuentra a la princesa Zafiro. Zafiroa va a pelear contra un lobo gigante que tiene asolado al reino. El conde y el duque con la ayuda pretenden en vano desenmascarar a Zafiro pero Cachito huye con el carro y cae al mar, Zafiro va en su búsqueda y se encuentra con un fantástico reino marino.

Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.

Los Gorenger se dirigen a Matsuyama para evitar que la Cruz Negra dispare un misil para destruir a Japón.

Hikage et son frère adoptif Mao sont élevés en tant que ninjas au clan Takeda. Mais arrivé à l'âge adulte, Maro disparaît et Hikage se lance sur ses traces. Sur son chemin, il se heurte aux forces de la Nature. Les Yomas, esprits de toutes choses, se réveillent pour prendre ce qui leur appartient : la Terre ! Mais qu'ont-ils fait à Maro ? En quoi son étrange destin leur est-il lié ? Yoma vous transportera dans un Japon médiéval que vous n'avez jamais connu, à mi-chemin entre l'histoire et ses légendes les plus sombres. Rempli de rebondissements, il vous entraînera à la découverte de ce que le monde japonais a été, et de ce qu'il aurait pu être.