Maebara Keiichi, una joven adolescente, se mudó recientemente de la ciudad a la aldea rural de Hinamizawa con su familia. Se está adaptando bastante bien a su nueva vida, haciendo amigos en la escuela pequeña, jugando juegos, pasando el tiempo en relativa felicidad, cuando de repente se produce un asesinato espantoso. Un misterio comienza a desenredarse - remontándose a los acontecimientos hace cinco años. Mientras Keiichi aprende más sobre estos extraños acontecimientos, se pregunta si podrá enfrentar la verdad detrás de todo esto.

En 2012, tous les êtres de sexe masculin ont été décimés à la suite de la contamination d’un gène. L’espèce humaine est donc en voie d’extinction car si quelques femmes restent encore en vie, elles n’auront évidemment aucune descendance. Les survivantes sont alors partagées entre les résignées qui veulent profiter de leur vie et celles qui cherchent n’importe quel moyen pour assurer la survie de l’humanité. C’est alors qu’un nouvel espoir apparaît avec l’échantillon Ice…

Yuji Akahoshi trabaja en un programa de televisión. Un día recibe una llamada de una amiga que le cuenta que una compañera de la empresa de cosméticos donde trabaja ha sido apuñalada hasta morir. Akahoshi pronto descubre que Miki Shirono, quien también trabajaba en la empresa de cosméticos, desapareció la misma noche que se produjo el asesinato. Akahoshi intenta aclarar el misterio tras Miki Shirono.

En 2012, tous les êtres de sexes masculin ont été décimés à la suite de la contamination d’un gène. L’espèce humaine est donc en voie d’extinction car si quelques femmes restent encore en vie, elles n’auront évidemment aucune descendance. Les survivantes sont alors partagées entre les résignées qui veulent profiter de leur vie et celles qui cherchent n’importe quel moyen pour assurer la survie de l’humanité. C’est alors qu’un nouvel espoir apparaît avec l’échantillon ICE.