Todo empieza cuando un marinero y una prostituta adolescente se encuentran por casualidad. Ese es el comienzo de Deseo, y a partir de ahí la cinta nos muestra a una serie de personajes típicos, propios todos de la sociedad mexicana. La película en realidad es una crítica mordaz a la sociedad de México, que está llena de prejuicios raciales y de clase, aunque esto creo que es algo común a la mayoría de las sociedades del planeta. Lo que la cinta nos quiere explicar es cómo debido a esos prejuicios el amor es casi imposible en México y lo que hay es sólo sexo sin amor, que está bien para un rato, pero que no es lo mejor para siempre. A pesar del halo de modernidad, en la cinta vemos como desde el siglo XIX hasta nuestros días poco ha cambiado en México, en donde la sociedad sigue siendo demasiado puritana.

El anciano cuidador de una morgue lejana posee un impecable recuerdo de todo menos de los nombres. Pasa sus días mostrando cadáveres a aquellos que buscan a sus seres perdidos y atendiendo a sus amadas plantas. Cuando la protesta en una ciudad cercana estalla y la milicia encubre secretamente la morgue para ocultar víctimas civiles, él descubre el cuerpo de una mujer joven desconocida. Evocando recuerdos de la pérdida personal, se embarca en una odisea mágica para darle un entierro adecuado con la ayuda de un mísero sepulturero que recoge historias de los muertos, una anciana en busca de su hija perdida hace mucho tiempo, y un conductor fúnebre atormentado por su pasado.

Germán Noble es un manipulador y poderoso empresario quien decide fingir la bancarrota para darles una lección a sus tres frívolos e inútiles hijos.