En esta versión, Dora y Boots llevan a los preescolares a emocionantes aventuras bajo el agua para ayudar a salvar el reino de la sirena, viajar al fondo del océano y encontrar un cofre del tesoro escondido en Treasure Island.

El aventurero capitán Jack Sparrow recorre las aguas caribeñas. Pero su andanzas terminan cuando su enemigo, el capitán Barbossa le roba su barco, la Perla Negra, y ataca la ciudad de Port Royal, secuestrando a Elizabeth Swann, hija del gobernador. Will Turner, el amigo de la infancia de Elizabeth, se une a Jack para rescatarla y recuperar la Perla Negra. Pero el prometido de Elizabeth, comodoro Norrington, les persigue a bordo del HMS Impávido. Además, Barbossa y su tripulación son víctimas de un conjuro por el que están condenados a vivir eternamente, y a transformarse cada noche en esqueletos vivientes, en fantasmas guerreros.

Hay problemas en Bikini Bottom: la corona del Rey Neptuno ha desaparecido y las sospechas recaen en el Sr. Krabs. Junto a Patrick, su mejor amigo, Bob Esponja marcha a la peligrosa Ciudad de Shell para rescatar la corona de Neptuno y salvar al Sr. Krabs.