Perú a comienzos de los años ochenta, la violencia terrorista comienza a agitar el país. Las Malas Intenciones relata un periodo de la vida de Cayetana de los Heros, una solitaria niña de ocho años, que crece bajo el cuidado de sus empleados. Tras regresar de un largo viaje, su madre Inés le da una noticia inesperada: está embarazada. El frágil mundo de Cayetana se desmorona.

Dos ex-militantes de izquierda radical se reencuentran para firmar su divorcio. Han pasado 19 años desde que uno de ellos abandonó al otro en circunstancias confusas.