En todas partes del mundo se suceden robos de diamantes de manera casi simultánea. En Japón el inexperto inspector Kommei es asignado a rastrear una banda de ladrones de piedras preciosas, quienes se cree que son los principales responsables a nivel local. Pero a medida que avanza la investigación, empiezan a relacionar la desaparición de los diamantes con la presencia de un gigantesco monstruo espacial que se encuentra en la órbita de la Tierra. Y es que la ameba gigante parece alimentarse de todos los derivados de carbono. La inquietud que acosa a la humanidad es qué pasara cuando las reservas de carbón y diamantes se agoten en el planeta. Y la sospecha puntual es que Dogora comience a asimilar seres humanos, cuyos cuerpos están también compuestos de carbono.

Dos astronautas, uno norteamericano y otro japonés, viajan hasta el Planeta X, un nuevo astro que ha surgido más allá de Júpiter. Allí descubren una civilización extraterrestre, los X-iens, que vive en un complejo mundo subterráneo protegiéndose de las desastrosas condiciones de la superficie, dominada por una destructiva criatura monstruosa que han bautizado como Monster Zero (en realidad Ghidorah, el monstruo protagonista de la entrega anterior).

Alemania, 1945. El corazón del monstruo de Frankenstein es conducido a Japón y, mientras es examinado, cae la bomba de Hiroshima. Quince años más tarde, un niño que ha brotado del corazón inmortal es atrapado, pero se comprueba que su crecimiento es imparable.