Au cours d'un voyage de 9 mois, l'équipe Cousteau explorera le plus long fleuve de la planète : le Nil. Il coule vers le nord jusqu'à la Méditerranée, traverse la moitié d'un continent et plus de 7000 ans d'histoire. Sur ses rives, les civilisations ont construit des merveilles d'architectures. Les royaumes se sont érigés, puis sont tombés, le destin de chacun toujours intimement lié à celui du fleuve… sans que nul ne s'en soit rendu maître. L'équipe de la Calypso étudie la vie autour du Nil, demeurée presque inchangée depuis l'époque des pharaons.

Le mythe de l’Atlantide n'a qu'une source : Platon. Il décrivait, il y a quelques 2500 ans, un pays regorgeant de richesses, situé au delà des colonnes d’Hercule, dont la capitale aurait été anéantie par un séisme, puis engloutie dans les profondeurs de la mer. À la suite d'une miraculeuse photo aérienne, le commandant Cousteau se retrouve sur les traces de la civilisation perdue de la légende de l’Atlantide. Près de l'île de Dia, l'équipe fait une découverte extraordinaire…