Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francis Garrpe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras Sus hijos sufren.

Mika, infirmière le jour et hôtesse la nuit, et Shinji, ouvrier intérimaire dans le bâtiment, se rencontrent plusieurs fois par hasard dans Tokyo. Tokyo exacerbe en eux deux les mêmes angoisses : la peur de la mort, de la solitude, de la pauvreté. Leur rencontre va peut-être leur permettre de surmonter leur fatalisme.