Algo a destruido Birth Island, hogar de Godzilla y su hijo y pronto se descubre que la energía nuclear de Godzilla está fuera de control. Temiendo que Godzilla explote, la Fuerza G intenta congelarlo. Pero un nuevo problema surge al aparecer una horda de criaturas del tamaño de los humanos, creados por una combinación de las células de Godzilla y del arma que destruyo al Godzilla original.

Las Naciones Unidas reúnen la última arma para derrotar a Godzilla, mientras que los científicos descubren un huevo de pteranodon fresco en una remota isla japonesa.

Unos cazatesoros descubren una enorme bola blanca que resulta ser un huevo de Mothra, el dios guardián del Cosmos. Los investigadores deciden llevar el huevo a Japón, pero Godzilla, que ha despertado de su letargo debido al impacto de un meteorito gigante que cayó en la fosa del Pacífico donde dormía, sale a su encuentro... ¿Podrán los humanos sobrevivir a esta terrorífica lucha entre monstruos?...

El organismo de lucha contra Godzilla encarga la construcción de Mogera, un monstruo gigante que tiene como objetivo contrarrestar los ataques de Godzilla. Sin embargo la llegada a la Tierra de un poderoso Godzilla Espacial se convierte en una amenaza superior al Godzilla original. Cuando el Godzilla espacial secuestra al Hijo de Godzilla, Mogera y Godzilla original se alían para vencer al villano.