Light Yagami es un brillante estudiante japonés que verá cambiar radicalmente su vida cuando se encuentra en el suelo un misterioso cuaderno en cuya portada se lee DEATH NOTE (Cuaderno de muerte). El cuaderno permite matar a cualquier persona si se conoce su nombre y su rostro, por lo que Yagami decide usarlo para limpiar el mundo de maldad.

Esta segunda película continúa la historia de "Death Note" y narra el enfrentamiento final entre Light y "L".

Diez años han pasado desde la confrontación entre Kira y L. Una vez más, los Shinigamis envían Death Notes al suelo y debido a esto, el mundo pronto cae en el caos. Tsukuru es un miembro del equipo de fuerza especial sobre la investigación de las Death Notes con otros seis investigadores, incluyendo a Matsuda que experimentó el caso de Kira hace años. El mundialmente famoso investigador privado Ryuzaki, que es el legítimo sucesor de L, también investiga los asesinatos en masa. A su vez, un virus informático llamado Kira se propaga por el mundo. El enfrentamiento comienza entre la persona que quiere el avivamiento de Kira y las personas que quieren detenerlo.

Una joven estudiante a enfermería, Asuka, se traslada junto con sus padres y su nuevo hermano a un nuevo inmueble. Pero, ya la primera noche, Asuka se despertará al escuchar un extraño sonido, como de uñas escarvando, que viene del piso contiguo. Al investigar, descubrirá a un anciano muerto por malnutrición que aparentemente se encontraba escarvando la pared con sus uñas para invadir su dormitorio.