La ciudad de Yūbari en la prefectura de Hokkaido se ha convertido en una ciudad fantasma tras la presencia de Shadow Moon y sus secuaces de Gorgom . Makino, un científico que trabaja en el experimento de robot ultrasecreto de Gorgom, escapa de la malvada organización y regresa a Tokio, solo para descubrir que su esposa e hija han sido secuestradas. Como Kamen Rider Black, Kohtaro viaja a Yubari para salvar a la familia de Makino y liberar a la ciudad de las garras malignas de Shadow Moon.

Los niños de todo Tokio desaparecen misteriosamente sin previo aviso. Kotaro sospecha que Gorgom están detrás de los secuestros y sigue un autobús turístico de aspecto sospechoso con niños en él, solo para perder su rastro por un acantilado. Con la ayuda de un pescador (interpretado por el propio Ishinomori ), Kohtaro viaja a una isla remota y usa sus habilidades como Kamen Rider Black para salvar a los niños y frustrar el último plan malvado de Gorgom.