Chiaki Shinichi, souhaitant se concentrer sur ses études, quitte l'endroit qu'il partageait avec Nodame et déménage. Il se fait ensuite proposer une collaboration avec la pianiste Rui Son qu'il accepte. Cependant, il a peur de la réaction que pourrait avoir Nodame quand elle l'apprendra. De son côté, Nodame retrouve Ryutaro et Masumi qui sont venus lui rendre une visite surprise dans la capitale afin de soutenir Kiyora durant un concours. Comment la relation entre Chiaki et Nodame va-t-elle évoluer ?

Mientras se acostumbra a la vida matrimonial con Akiko, Ryu Terui se ve envuelta en un caso con el Capitán Hiroshi Sagami y el Inspector Yukihiro Ohno involucrando a una mujer llamada Aoi Katsuragi, miembro de un círculo de delincuentes cuya mayoría sonm compañeros asesinados por gente con la que Ryu luchó como Accel.

Una serie de muertes inexplicables comienza a suceder alrededor de un equipo de científicos dedicados a la realidad virtual. Pronto, el mundo real y el virtual se entrecruzan para siempre.